Националният иновационен фонд развива дейността си като активен архитект на иновационната среда в България, а не единствено като източник на финансиране.

Стратегията на Фонда е насочена към създаване на работещи механизми, които свързват идеи, научен потенциал, предприемачество и пазар в последователен и измерим процес.
Фокусът на НИФ е върху постигането на реални икономически и технологични резултати. Подкрепяните проекти се разглеждат като част от по-широк иновационен поток, в който всяка интервенция има ясна роля – да намали риска, да ускори развитието или да подпомогне навлизането на пазара. Стратегическият подход на Фонда цели да превърне публичното финансиране в ясен, улеснен и дългосрочен ресурс. 
НИФ прилага целенасочен модел на подкрепа, който отчита различните етапи на развитие на иновациите и специфичните нужди на бенефициерите. Чрез ясно дефинирани инструменти и процедури Фондът осигурява логична последователност – от ранна разработка и доказване на концепция до внедряване.Стратегията за развитие на Фонда се основава на гъвкавост и способност за адаптация към технологичните и пазарните промени. Приоритетите се актуализират в съответствие с националните и европейските политики, като се поставя акцент върху области с дългосрочно значение за икономическата сигурност, конкурентоспособността и технологичната независимост на страната.
НИФ развива системи за наблюдение и анализ, които позволяват оценка на напредъка и въздействието на подкрепяните проекти. Натрупаният опит и данни се използват за подобряване, оптимизиране на процедурите и повишаване на ефективността на публичния ресурс.